Huvudkonfigurationen av EDI-moduler kretsar vanligtvis kring tre områden: kommunikationskompatibilitet, databehandling och affärssamarbete. Detta säkerställer ett stabilt och korrekt utbyte av affärsdata mellan olika företagssystem. I praktiken genomförs dessa konfigurationer i allmänhet inom en integrationsplattform eller mellanprogram och anpassas efter olika partners krav.
Konfiguration av kommunikationslager fokuserar på att ställa in interoperabilitetsmetoden och säkerhetsparametrar, som att använda överföringsprotokoll som AS2-, SFTP- eller VAN-nätverk. Det kräver också konfigurering av identifieringsinformation (Partner ID), certifikat, krypteringsmetoder och signaturregler för båda kommunicerande parter för att säkerställa datasäkerhet och integritet under överföring. Dessutom faller meddelandeköinställningar, mekanismer för återförsök och timeout-regler också under detta avsnitt, som används för att förbättra överföringens tillförlitlighet.
Data- och affärskonfiguration inkluderar huvudsakligen meddelandetypsdefinitioner, fältmappningsregler och formatkonverteringsregler. Datastrukturer skiljer sig ofta mellan företag, så mappningskonfigurationer behövs för att mappa interna systemfält till EDI-standardfält. Affärsutlösningsregler är också konfigurerade, såsom ordergenerering, leveransfeedback eller avstämningscykler, vilket gör att EDI-datautbyte kan bäddas in i specifika affärsprocesser.